פרשת אמור עומדת במרכז המחלוקת שפילגה את העם היהודי בימי הבית השני. מדברי חז"ל אנו מכירים בעיקר את שתי הכתות המרכזיות שהתגוששו ביניהן על לבו של העם היושב בציון, הפרושים והצדוקים; ומבין המחלוקות שמנו חכמים בעניינים שונים, רובם בענייני טהרה ומקדש, זכורה בעיקר המחלוקת על ספירת העומר. עיקרה של המחלוקת נעוץ בפרשנות הפסוקים המופיעים בפרשתנו – "וספרתם לכם ממחרת השבת, שבע שבתות תמימות", לעומת מקבילתם בפרשת ראה, שם מופיע ציון זמן אחר, "מהחל חרמש בקמה". מסורת חכמי הפרושים העדיפה את עונת הקציר, וברגע שאפשר היה, מיד לאחר חג ראשון של פסח, הורו על קציר, קרבן וספירה. המילה "שבת", הנזכרת בפרשתנו, מתפרשת כחג שבו שובתים ממלאכה ולאו דוקא כשבת בראשית. חכמי הצדוקים, שרובם כוהנים ירושלמים, חיכו עוד - לתום השבוע, לתום החג כולו, ואולי עד לאחר השבת שלאחריו, ורק אז, לדעתם, אפשר להתחיל עם הקציר ועבודות המקדש הקשורות בו. ניכר בצדוקים שנקודת מבטם היתה מתוך עבודת המקדש, שעיקר היתה בעיניהם, ומציאות החיים שמסביב היתה אמורה להיות כפופה לו, בעוד שבעיני הפרושים המקדש בתוך עמו יושב, החיים והמציאות הם העיקר ואין המקדש בא אלא להעלותם ולא לעקר אותם.
המחלוקת הזו רחבה היתה יותר משנדמה לנו. למעשה, כל הכתות שאינן פרושיות, וכאלה היו לא מעט, החזיקו בהלכה הקרובה יותר לזו הצדוקית. השומרונים, שבימי הבית השני עדיין לא נבדלו לגמרי מעם ישראל, סופרים עד היום הזה ממחרת השבת שלאחר החג הראשון, וכמוהם הקראים; ואילו הנוצרים, שבראשיתם בימי הבית יהודים היו, קובעים את חג השבועות שלהם, ה"פנטקוסט", לפי יום ראשון של הפסחא, שגם הוא נקבע על פי מילוי הירח. מגילות מדבר יהודה הוכיחו כי לא רק כוהני ירושלים הצדוקים החזיקו בדעה זו, אלא גם אותה כת שכתביה נמצאו במערות קומראן, שלדעת רוב החוקרים איסיית היתה או קרובה לה. על פי הלוח שלהם, שהוא לוח שמשי בלבד, כל התאריכים חלים תמיד באותו יום בשבוע, שום חג אינו חל בשבת כדי לא לחללה, וספירת העומר מתחילה ביום א' שלאחר חג המצות כולו. כך יוצא חג השבועות תמיד ביום ט"ו לחודש, כמו כל שאר הרגלים. הקפדתם על ענייני התאריך היתה כה גדולה, עד כי הם העדיפו לפרוש לחלוטין מעבודת המקדש שלדעתם חיללה שבת ומועד. לוח זה שונה מהלוח השומרוני או הקראי, שאינם קובעים תאריך קבוע לחג השבועות. אמנם מעדות חז"ל לגבי הצדוקים לא משתמע שהיה להם לוח נפרד של ממש, אלא מתקבל הרושם שהלוח דומה היה ורק פרטיו הפנימיים שונו. אולם המחלוקות עם הביתוסים על קידוש החודש, שנזכרות במסכת ראש השנה, מעידות כי המחלוקת היתה בכל זאת רחבה יותר והקיפה את כל שיטת חישוב החודשים.
מכל האמור עולה כי בימי הבית השני שררה אנדרלמוסיה גדולה בנושא לוח השנה וההלכה בכלל. מדברי יוסף בן מתתיהו, ההיסטוריון של התקופה, אנו למדים כי המחלוקות הקיפו ענייני השקפה לא מעטים, בעיקר בנושאי שכר ועונש ופרשנות התורה בכלל. דומה שניתן לתאר את מצב ההלכה של ימי הבית השני כסקאלה רחבה, שבקצֶהָ האחד ניצבים אנשי כת מגילות מדבר יהודה ובקצה השני הפרושים, ובתווך מתפזרים כל הזרמים, כולל הצדוקים, הבייתוסים, השומרונים והנוצרים הראשונים. לפחות שלשה לוחות שונים או לפחות מערכות חגים שונות נהגו בכתות שונות, ומאחורי כל אחד מהם הסתתרה תפיסת עולם שונה. כתות המדבר והביתוסים ראו בשבת ובתאריכים קבועים למועדים את העיקר, הצדוקים והשומרונים ראו במקדש ובסדרי קרבנותיו את העיקר, ואילו הפרושים היו מוכנים אף לדחות מועדים מזמנם הקבוע על פי הראיה או החישוב, כדי לאפשר לעם לחגוג כהלכה. כל חישובינו דהיום, לא אד"ו ראש ולא בד"ו פסח, מטרתם לאפשר צום כהלכתו ביום הכיפורים ואפילו את מנהג חבוט הערבה שאינו מהתורה, אף אם הדבר מחייב לקדש את החודש לא במולדו או יביא לידי הקרבת קרבנות חג בשבת. כל מחלוקות ההשקפה האלה התנקזו בימי הבית אל ספירת העומר.
זמנים חדשים, מחלוקות חדשות. היום מתנקזות המחלוקות אל יום העצמאות החל בעצם ימי הספירה: אלה מסרבים להוסיף מועד כלשהו על מה שקיים משכבר, ומתוך כך כופרים בעצם שינוי המצב; אלה רואים בו שלב לגאולה, שסופה בהקמת המקדש וחידוש עבודת הקרבנות; ואלה רואים בתקומת עם ישראל נס גדול, הצלה היסטורית, הזדמנות שלא היתה כמותה אלפי שנים לחידוש חיי העם. מחלוקות אלה חוצות מגזרים, ולא רק שומרי מצוות חלוקים ביניהם בשאלות אלה. התשובות על השאלות מגדירות גם את מידת ואופן שייכותו של האזרח לתנועה הציונית ואת עמדתו כלפיה.
זמנים חדשים, מחלוקות ישנות. כאז כן עתה, מחייבים אותנו ימי הספירה לעמוד מול לוח השנה, ולהגדיר לעצמנו מי אנו ובמה אנו מאמינים.
